Wahrscheinlich schon in der Vorzeit siedelten auf einer Anhöhe unweit des heutigen Innenhafens an einer Rheinfurt Menschen. Nach der Zerstörung der Siedlung durch die Wikinger 883 begann die größte Blüte der Stadt Duisburg. Am Schnittpunkt von Rhein, Ruhr und Hellweg, dem bedeutendsten Handelsweg des Reiches, gelegen, entwickelte sich Duisburg im 10. Jahrhundert zur Reichsstadt mit lebhaftem Warenhandel. Mitte des 13. Jahrhunderts verlagerte der Rhein sein Bett 4 Kilometer nach Westen, wodurch für Duisburg die direkte Anbindung an die Wasserstraße verloren ging . Die Bedeutung des Handelsplatzes sank schnell. Gleichzeitig entwickelte sich das nahe Ruhrort an der Ruhrmündung zum wichtigsten Flusshafen.

Erst Anfang des 19. Jahrhunderts begann man durch Ausbau des alten Rheinbettes als Kanal wieder Anschluss an den Rhein zu finden. Zur Anbindung an die Ruhr wurde 1840 ein 800 m langer Kanal am Schwanentor gebaut. Der Ruhrkanal erhielt später den Namen "Innenhafen". Der Innenhafen wurde seit den 1880er Jahren zu einem der wichtigsten Duisburger Gewerbegebiete. Der Güterumschlag stieg rasant. Hier entstand der zentrale Umschlagplatz des Getreidehandels im Deutschen Reich. Nach 1900 wurden im Innenhafen eine Reihe von Speicher- und Mühlenneubauten errichtet, der "Brotkorb des Reviers". Allerdings ging nach dem 2. Weltkrieg diese Bedeutung schnell verloren, in den 1970er Jahren drohte den alten Speichern der Abriss.

Heute entsteht hier ein neuer, attraktiver Stadtteil, der sich durch die Kombination von Arbeit und Wohnen, Kultur und Freizeit auszeichnet. Seit Anfang der 1990er Jahre wurden auf dem ca. 90 ha großen Areal im Rahmen der Internationalen Bauaustellung IBA Emscher Park mehrere Bauvorhaben realisiert, u.a. das "Hafenforum" des Stararchitekten Sir Norman Foster, das Museum Küppersmühle und der Altstadtpark des Landschaftskünstlers Dani Karavan.

An die Mühlenvergangenheit des Innenhafens erinnert auch das Kultur- und Stadthistorische Museum der Stadt Duisburg, das in dem umgebauten und ergänzten ehemaligen Gebäude der Rosiny-Mühle von 1902 untergebracht ist. Als Teil der umfangreichen stadtgeschichtlichen Ausstellung ist in einem alten Getreidespeicher ein Mühlenraum mit Transmission und verschiedenen Originalmaschinen zu bewundern. Über die Uferpromenade gelangt man zum nahen Schwanentor, Ausgangspunkt von Hafenrundfahrten.